El CIA de Migjorn, conté un dispositiu de bioprotecció general molt efectiu (doble ballat, descàrrega de pinso des de l'exterior, fossa de purins externa al recinte, etc...), pel que es restringeix al màxim les entrades al centre. Aquest fet es porta a terme, única i exclusivament mitjançant el pas obligat per la dutxa de tot el personal que accedeixi a les instal•lacions. De la mateix manera, s'ha dissenyat una entrada única pels animals a través d'un moll de càrrega situat a la perifèria de la balla, que és desinfectat després de cada ús.

L'habitacle destinat als verros està format per petites naus individuals, amb capacitats que van des de 4 a 30 mascles reproductors, amb la finalitat d'aconseguir ambients independents, aïllats entre sí, per evitar el trànsit de possibles patologies infeccioses al centre. Els verros es troben ubicats en corralines de 6m2 especialment dissenyades per mascles reproductors, on s'han provat diferents tipus de terra per determinar les millors condicions per acollir verros de la raça Pietrain.